ИНСТИТУТ ПО ЗЕМЕДЕЛИЕ - КЮСТЕНДИЛ е създаден през 1929 година като Опитна и контролна станция по овощарство в най-стария център за производство на плодове в България. Нуждата от опитна станция в Кюстендилско е изразявана многократно на събрания на овощарското дружество в Кюстендил и на овощарски конференции. При създаването си започва работа с двама служители – директор и старши работник.
През ноември 1944 година прераства в Институт по овощарство, а през 2000 година в Институт по земеделие. Понастоящем той е структурно звено на Селкостопанска академия към Министерство на земеделието и храните и е специализирано научноизследователско учреждение за решаване на теоретични и практически проблеми на земеделието, внедряване на български и чужди постижения, оказване помощ на земеделските производители.
Първите проучвания са върху взаимоотношенията при оплождане на някои черешови, вишневи и сливови сортове. Установява се сортовия състав на черешовите градини, изучава се влиянието на климатичните условия върху размера на черешовата реколта. Плод на тези изследвания са установените интерстерилни групи при черешата, неизвестни дотогава за овощарската наука.
Селекционната цел е видоизменяна многократно в зависимост от конкретните условия, като най-напред е формулирана “Създаване на нови, едроплодни и плътно месести черешови сортове с вкусови качества на Ръжавичка белвица”. Настъпващите промени в изискванията към черешовите сортове и необходимостта от изменения в технологията на отглеждане, налагат корекция в селекционната цел и към 1960 година тя е формулирана: “Създаване на нови родовити сортове от типа на хрущялките, чиито плодове са пригодни и за механизирана беритба”.
Голямото значение на самоплодността при черешата, интродукцията на първия самоплоден канадски сорт Стела в Института по земеделие – Кюстендил, изучаванията върху устойчивостта на сортовете на студ и късни пролетни мразове, налагат нова формулировка на задачата “Интродукция, създаване и проучване на нови черешови сортове, устойчиви на късни пролетни мразове, с умерено до слаб растеж и самоплодни”. По-късно са интродуцирани и други 2 самоплодни канадски сорта Лапинс и Сънбърст.
За периода 1953-2004 година, в резултат от полова хибридизация са отбрани по морфологични признаци за степен на културност и са засадени селекционни насаждения над 8 600 хибрида от различни комбинации. В произхода на тези хибриди участват като родителски двойки най-ценните от интродуцираните сортове, проявили висока родовитост, едрина, плътномесестност и устойчивост на късни пролетни мразове /Козерска, Гермерсдорфска, Ван, Райниер, Стар и др./, установени при изучаванията в конкретните екологични условия на района. Особено внимание е отделено на кръстоските с участието на самоплодния сорт Стела.
Значителни усилия отнема вторият раздел от селекционно-подобрителната дейност в Института в Кюстендил. Първите сортове са внесени от унгарски колекции, а през 1960 г. и 1967-1968 г. най-ценните сортове на Института по овощарство в Скерневице, Полша и Опитната станция в Женева, щат Ню Йорк. Дейността в това отношение продължава интензивно по-късно – за 26 години целенасочена работа от 13 различни страни в света са интродуцирани 74 черешови сорта и 7 подложки. Особено значение има вноса на първия в света самоплоден канадски сорт Стела, а по-късно и другите два самоплодни сорта Лапинс и Сънбърст. Общият брой на интродуцираните черешови сортове до 1994 г. достига 100.
През периода 1994-2004 г. са интродуцирани още 38 сорта, включително двата самоплодни сорта на Женевската станция – Whitegold и Blackgold и самофертилният сорт на видния италиански селекционер Барджиони –Issabela. С интродуцираните досега 38 сорта и подложки са обогатени значително растителните ресурси при черешата в института и страната.
Едновременно с вноса на това богатство от сортове се организира сравнително сортоизучаване: в три сортови опити са изучени интродуцираните сортове и оказалите се най-ценни при условията на Кюстендилски район, са предложени за размножаване на производствената практика. Основно в сега съществуващите насаждения у нас са разпространени сортовете Ван, Козерска, Бинг, Бигаро Бюрла, Гермерсдорфска, Ламберт, Стар, внесени в най-ранния период от интродукционната дейност и изучени в института. Понастоящем общо 14 от тях са включени в Националната сортова листа.
Неразделна част от изследователската работа е отборът на подходящи подложки и сортоподложкови комбинации за черешата. Тя започва през 1959 г. с проучване на взаимоотношението между подложка и присадник в условията на питомник и насаждение.
Значителната по обем изследователска работа след 1972 г. се развива при проучването на местни ресурси от форми на махалебка в Кюстендилския район по морфологични и биологични особености. Установени са биологичните и стопански качества на семеначета в семенилище и питомник, както и възможността за директно засяване на семена в питомник с оглед съкращаване на срока за производство на посадъчен материал.
В началото на 90-те години на миналия век стартират проучвания върху три системи за поддържане на почвената повърхност и две норми на азотно торене. В тези условия са установени промените в агрохимичните показатели на почвата, растежните и продуктивни прояви на черешовите сортове Бинг и Ван. На практиката са предложени две технологични решения – черна угар с органо-минерално торене и черна угар с минерално торене.
Провеждат се и изследвания върху слаборастящи сортоподложкови комбинации за създаване и внедряване в практиката на по-интензивни насаждения при осигурена вода за поливане.
От особено значение за получаване на висококачествена продукция са и технологиите за отглеждане. Настоящите изследвания в тази област са насочени към разработване на технологии за интегрирано и биологично производство. С внедряването им ще се произвежда черешова продукция без остатъчни количества от пестициди, а околната среда ще се опази от замърсяване.