НАЦИОНАЛЕН ЦЪРКОВЕН ИСТОРИКО-АРХЕОЛОГИЧЕСКИ МУЗЕЙ се помещава в сградата на Богословския факултет на Софийския университет "Св. Климент Охридски" на площад "Света Неделя" в София.
Сред огромната му колекция, наброяваща над 11 000 светини и исторически паметници, има старинни икони, щампи, дърворезба, старопечатни книги, богослужебна утвар, макети на старинни църкви, албуми със снимки на храмове, и ръкописи на архиереи и будители, сред които екзарх Антим I, екзарх Йосиф I, митр. Климент Търновски (Васил Друмев), митр. Иларион Макариополски, Неофит Бозвели и други. Представени са основните художествени школи с творби от Димитър Зограф, Захарий Зограф, папа Витан, Йоаникий папа Витанов, Симеон Цонюв и други възрожденски и съвременни иконописци.
Музеят е отворен всеки делничен ден между 9:00 и 17:00 часа.
Непосредствено след Освобождението по решение на Св. Синод на Българската православна църква започва огромна проучвателна дейност из цялата страна за съхраняването на всичко, пощадено от времето и оцеляло през годините на турското робство. Издадени били "Наставления за събиране на църковни и манастирски старини". За кратко време т.н. "Присинодална сбирка" се сдобила с множество експонати. Създаден бил и археологически отдел при Св. Синод.
В 1921 г. Св. Синод взел решение сбирката да бъде превърната в музей, и две години по-късно тогавашното Министерство на народното просвещение узаконило новата институция. Обособени били четири отдела: иконографски, художествено-индустриален, историко-архивен и отдел "Ръкописи и старопечатни книги".
През месец октомври 1968 г. с постановление на Министерския съвет музеят получава сегашното си име - "Национален църковен историческо-археологически музей". С икони от Църковния музей е положено началото и на отделна експозиция в Националната художествена галерия, която по-късно прераства във филиал на Националната художествена галерия за старо българско изкуство - Криптата на патриаршеската катедрала "Св. Александър Невски". Днес в нея са изложени около 300 икони, стенописни фрагменти, щампи и др. от IX в. до края на XIX век. В криптата периодично се организират и изложения на православни светини и реликви, тематични фотоизложби, концерти на певци и инструменталисти и други.
Светините на музея са излагани в Париж, Есен, Москва, Санкт Петербург, Варшава, Прага, Братислава, Брюксел, Бейрут, Мексико и други градове.
Колекцията на Църковния музей включва едни от най-ценните паметници на християнското изкуство по нашите земи. Едни от най-ценните експонати на музея са най-старата намерена рисувана икона в България от X век на Св. Георги и Св. Димитър на коне от Созопол и двулицевата икона на Св. Богородица Пътеводителка (Одигитрия) от Поганово. От ХIII-ХIV век са също иконите с образа на Христос Пантократор, Св. апостол Андрей, Св. Климент Охридски, както и иконите, изобразяващи Рождество Христово, Преображение Господне, Вход Господен в Иерусалим и др. Всички те са от времето на Второто българско царство и са постъпили от Несебър, Созопол, с. Българово (Бургаско), Бачковския манастир "Успение Богородично", Арбанаси и други.
Много богата е иконната сбирка от късното Средновековие. Тя включва емблематични шедьоври като "Св. Богородица Пътеводителка с житийни сцени" от ХV-ХVI в., "Св. Троица Старозаветна" от 1598 г., поредицата празнични икони от с. Присово (ХVII в.). Високото богословско и художествено качество на тези творби свидетелства за висотата на духовния живот през тези векове на иноверско владичество.
Най-обширна в количествено отношение е колекцията от икони от Възраждането. Представени са основните възрожденски иконописни школи с творби от техните най-големи майстори: тревненците папа Витан, Симеон Цонюв и Йоаникий папа Витанов, самоковските майстори Димитър Зограф и Захарий Зограф и други.
Музейният фонд разполага с голяма сбирка от възрожденски щампи. Богата е и колекцията от църковна утвар, мощехранителници, жезли, напрестолни кръстове, дърворезби, обковки на книги и пр. Те допълват представата ни за различните аспекти на богослужебния живот в нашата Църква през последните няколко столетия. В музея се пази и Устава (типика) на Черепишкия манастир от 1390 година.
Към помощния фонд на музея се числят направените копия на стенописи от Бачковската света обител (от костницата и две от манастирски църкви), от Велико Търново (от църквата "Св. четиридесет мъченици"), от храмове в Бояна, Земен, Калотино, Драгалевци, Кремиковци, Курило, Сеславци, Троянския манастир. Има и поредица копия на ктиторски портрети на българи-дарители в атонските манастири, изпълнени прецизно най-вече от Николай Ростовцев. Експозицията на музея включва и макети на известни старинни църкви в София, Несебър, Бачково, Велико Търново, Бояна, Земен, Арбанаси, изработени от скулптора Д. Бучински. Във фототеката се пазят и отделни албуми със снимки на всички по-важни и забележителни църковни паметници - храмове, стенописи, икони, утвари и други.
В историко-архивния отдел на музея са били съхранени някои дарствени грамоти и фермани, а също така почти всички оцелели ръкописи на Неофит Хилендарски (Бозвели), писма и документи от митр. Иларион Макариополски, от екзарсите Антим I и Йосиф I, от митрополит Климент Търновски и други.